Les premières traces de peintures murales romanes sont apparues en 1922 lorsque le mur obstruant l'absidiole nord a été enlevé. Sept années plus tard, les peintures ont été restaurées. A cette occasion, le murage devant l'absidiole sud a été supprimé, mais sa peinture a été si mal conservée à cette époque, qu'une restauration a dû être effectuée. En 1937, on décida le remurage de cette absidiole. Cette même année, lorsqu'une partie de la voûte est tombée, les restes de décorations jusqu'à présent inconnus et datant du gothique tardif ont été découverts sur la partie nord de la nef. Deux fresques picturales de grande envergure ont été mises au jour : l'une datant du gothique tardif exécutée par l'atelier de l'Isefjord dans les années 1460-1480, et au-dessous celle de la période romane effectuée par l'atelier de Jørlunde vers 1150-1175. La plus grande partie de la décoration gothique a été endommagée par le dégagement des peintures romanes. Sur le mur sud furent aussi découvertes des fresques gothiques de l'atelier de l'Isefjord qui représentent, dans la partie supérieure, le Jardin de Gethsémani et à la partie inférieure, la Crucifixion.

La restauration principale des fresques de l'église de Måløv a été confiée au peintre danois Ole Søndergård, d'août 1938 à février 1939. Plus tard, du 3 octobre au 21 décembre 1968, Knut Simonsen, du Musée National de Copenhague, a entrepris un nettoyage des fresques aux ultra-violets, sur le mur nord de la nef, le mur triomphal et l'intrados ainsi que sur les absidioles. En 1981, de nouvelles restaurations ont été exécutées par le  conservateur du Musée National de Brede, Robert Smalley, ainsi que par ses collègues G.H. Andersen, Peder Bøllingtoft et A. Smalley. Les analyses aux infra-rouges et au scanner ont alors permis de rendre compte de la composition des matériaux employés.

Comme pour toutes les peintures murales romanes, la datation des fresques de Måløv a été un sujet controversé entre les historiens de l'art. En 1929, Egmont Lind a daté les fresques de Måløv de 1190-1210. En 1944, Poul Nørlund datait les mêmes œuvres de 1200-1225. Les historiens actuels du Musée National de Copenhague font remonter le travail de Seeland à une période plus ancienne : 1150-1175 . En effet, après des analyses employant les systèmes modernes de haute technologie (Carbone 14 notamment et microscope électronique), ils ont procédé à un rapprochement des peintures de Måløv avec celles de l'atelier de Jørlunde dont la datation se situe entre 1150 et 1175.

Les fresques de l'église de Måløv respectent l'emploi des techniques romanes dans la préparation du mur : un crépi grossier recouvert d'une couche de chaux lissée d'environ 1/2 centimètre d'épaisseur. L'emploi des couleurs est aussi conforme aux normes de l'époque : bleu pour l'exécution des fonds et des détails (cheveux de David sur l'arc triomphal par exemple). Pour les personnages et les bords, le vert a été d'usage, tout comme les ocres rouge et jaune, le blanc et le gris. Les maîtres ont souligné les poings et les mains des personnages par un jeu de couleurs claires et de contours plus sombres suivant le style des ateliers de Jørlunde. Les gloires, les bords des vêtements et les ceintures sont spécialement soulignés et exécutés en relief de stuc doré. L'emploi de dorures à l'église de Måløv date de 1175 environ. Mais vers 1200, l'abus des artistes du groupe de Jørlunde a fait couvrir sans mesure nombre de détails sans importance (bords des vêtements, vases, casques, épées...). Il n'existe pas d'autres églises danoises où autant de reliefs dorés ont été apposés sur les fresques.

Les ressemblances entre les fresques de Måløv et le reste des décorations de l'atelier de Jørlunde se manifestent d'abord dans les bordures ornementales à méandres qui se retrouvent à l'église de Kildebrønde et à Saint Ib; les frises en forme de crochets en T sont les mêmes que celles à Tveje-Merløse et à Vester Broby.Mais les différences sont plus nombreuses que les similitudes, et elles se rencontrent aussi bien sur le choix que dans l'élaboration des motifs : fresque de la Résurrection, Pilate qui se lave les mains et la Vierge à l'Enfant. Il est vrai que nous trouvons d'autres peintures romanes du Baiser de Judas, entre autres à l'église de Jørlunde, mais dans celle-ci, Jésus et Judas sont toujours placés face à face.